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浙江大学生命科学研究院2021年6月7日黄俊实验室在Molecular Cell合作发表论文解析了BRCA1-BARD1复合物识别DNA损伤位点的分子结构基础(图)
黄俊 复合物识别 DNA损伤 分子结构
2022/10/26
2021年6月7日,浙江大学生命科学研究院黄俊实验室和中科院生物物理所周政实验室合作在Molecular Cell杂志在线发表了题为“Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin”的研究论文,揭示了乳腺癌易感基因产物BRCA1-BARD1异源二聚体被招募到DNA双链断裂损伤(DNA doub...
DNA Computation Based Approach for Enhanced Computing Power
DNA Computation Computing Power Evolutionary Computing
2015/7/22
DNA computing is a discipline that aims at harnessing individual molecules at the nano-scopic level for computational purposes. Computation with DNA molecules possesses an inherent interest for resear...
Getting the most from a surname study:semantics,DNA and computer modelling (third edition)
surnames DNA semantics modelling onomastics
2015/6/10
We here address such questions as: what does a surname mean;is it single origin;and,why do some surnames grow abnormally large? Though most surnames are rare, most people have populous surnames. In th...
在非线性函数下的DNA概率测量聚类分布
DNA聚类 概率值 非线性函数 基因组序列
2014/6/20
典型的聚类分析方法可将相似度较高的数据片段依据测量的数值特征聚集在一起,利用空间分布展示序列中存在相同或者不同的片段。本文针对不同来源的DAN序列,利用分组概率值的统计特征进行计算,采用三种非线性函数获得测量的投影测度,得到对应的基因测量特征形成可视化的聚类分布。比较结果显示,同类基因处理结果分层趋势相同,基因子序列分布图示在更高层次呈现出互补结构,而不同种类基因序列之间存在明显的分布差异。
提出一种高通量DNA序列数据的压缩算法.该算法先采用码书索引变换模型,将传统码书索引值的表示方法变换成由四个标准碱基字符替代的四进制数值方式,并采用一种界定替换串与非替换串的简明编码方法,接着通过信息熵的大小来决定是否进行块排序压缩变换(BWT),最后进行前移编码变换和Huffman熵编码.在多种测序数据集上的实验结果表明,CITD在大多数情况下可以获得比本文所对比的高通量DNA专用压缩方法更优的...
DNA纳米颗粒共聚体在图的连通度问题中的应用
DNA计算 DNA纳米金颗粒 图的连通度 三维模型
2016/12/27
本文提出了一种利用DNA纳米金颗粒共聚体的自组装过程解决图论中一个NP完全问题-连通度问题的DNA计算方法,构建了解决图的连通度问题的三维DNA自组装计算模型.根据设计的算法,首先需要根据具体的图的连通度问题设计用于自组装的DNA纳米金颗粒共聚体,然后根据算法经过一系列实验设计来求解连通度问题.本文利用Visual DSD仿真该实验的可行性,为下一步DNA自组装计算模型的应用提供了可行的方案.
DNA密码序列分组测量可视化模型
DNA序列 分组测量 共轭图
2014/6/20
随机序列生成和检测在密码学应用中发挥着重要作用,随着人类基因组计划的成功实施,应用随机序列检测工具处理DNA序列具有特殊意义。利用DNA序列本身具有的天然随机性,本文用共轭测量图示方法,提出了一种展现DNA序列测量特征空间分布的可视化模型,该模型能为深入解析DNA序列随机性测量特征的可视化研究提供参考。
Enhanced Self-Organizing Map Neural Network for DNA Sequence Classification
Bioinformatics Artificial Neural Networks Self-Organizing Map Classification Sequence Alignment
2013/1/28
The artificial neural networks (ANNs), among different soft computing methodologies are widely used to meet the challenges thrown by the main objectives of data mining classification techniques, due t...
DNA鉴定技术在诉讼中发挥着显著的证明作用。我国自建立法庭科学DNA数据库以来, 各地数据库之规模、应用逐步扩大, 取得一定实践成效。然而, 数据库的运作也存在法律困惑:如何完善立法规范, 如何平衡强制采样与正当程序的冲突, 如何兼顾DNA信息保存与隐私权保护的目标, 如何权衡数据库推广与司法资源有限的矛盾。DNA数据库的制度完善须理性选择立法模式, 整合各地既有规范。应在《刑事诉讼法》第130条...
自组装DNA/纳米颗粒分子逻辑计算模型
逻辑运算 DNA 计算 纳米颗粒 DNA 自组装
2013/8/29
将AuNP 自组装聚合色变与DNA 计算相结合, 构建了纳米分子逻辑计算模型. 使用了DNA 自组装、DNA/AuNP 结合和AuNP 聚合色变等关键技术方法. 利用DNA 自组装结构变化,通过DNA/AuNP 聚合色变反应, 实现了简单逻辑运算功能. 在此基础上, 构建了求解简单集合运算的DNA/AuNP 计算模型, 对多重输入的简单集合运算进行了逻辑运算. 最后, 进一步拓展该分子逻辑运算模型...
自组装DNA/纳米颗粒分子逻辑计算模型
逻辑运算 DNA 计算 纳米颗粒 DNA 自组装
2013/8/28
将AuNP 自组装聚合色变与DNA 计算相结合, 构建了纳米分子逻辑计算模型. 使用了DNA 自组装、DNA/AuNP 结合和AuNP 聚合色变等关键技术方法. 利用DNA 自组装结构变化,通过DNA/AuNP 聚合色变反应, 实现了简单逻辑运算功能. 在此基础上, 构建了求解简单集合运算的DNA/AuNP 计算模型, 对多重输入的简单集合运算进行了逻辑运算. 最后, 进一步拓展该分子逻辑运算模型...
最小自由能约束的DNA编码设计研究
DNA计算 DNA编码 自由能 蚁群优化
2010/5/4
首先介绍了DNA编码设计中自由能约束的重要性,以及自由能约束的计算公式,进而采用一种改进的蚁群优化算法来求解。仿真实验表明此算法产生一组能满足特定自由能约束和统一的解链温度约束的DNA序列,算法利用蚁群算法的并行性提高了编码设计算法的效率,利用最小自由能约束产生更稳定的DNA序列。
哈密尔顿回路问题的DNA表面计算模型
DNA超级计算 表面计算模型 NP完全问题 哈密尔顿回路问题
2010/3/15
首次提出用DNA表面计算模型来解决无向图哈密尔顿回路问题。该模型基于哈密尔顿回路问题的解空间,将问题解空间的DNA分子固定在固体载体上,对其进行荧光标记,然后通过相应的生化反应筛选出哈密尔顿回路问题的所有解。与已有的哈密尔顿路径问题的其它模型相比,新模型具有错误率低,编码简易,读取方便等更好的性能。
基于粘贴模型的两类全排问题的DNA算法
全排列 圆排列 DNA计算 粘贴模型
2010/2/21
基于粘贴模型的巨大并行性,分别给出了线性全排列和圆周全排列问题的粘贴DNA算法;分析了两类问题的DNA算法的不同之处;通过一个实例给出了实验操作步骤,并对生化实验进行了模拟,得出了正确的结果,从而证明了算法的可行性。最后,对算法的操作复杂度进行了分析。